Het havo (hoger algemeen voortgezet onderwijs) duurt vijf jaar. Bij plaatsing in 3 havo wordt de leerling in de loop van het jaar voorbereid op de keuze van “profielen” in de Tweede Fase. Bij die keuze wordt hij begeleid en geadviseerd door de mentor en de schooldecaan. Bovendien worden de ouders/verzorgers uitgenodigd voor een informatieve ouderavond, waarop men alle informatie over die keuze krijgt. Onder een “profiel” verstaan we een samenhangend onderwijsprogramma dat de leerling voorbereidt op bij dat profiel passende vervolgstudies. Er zijn vier profielen:
A Cultuur en Maatschappij
B Economie en Maatschappij
C Natuur en Gezondheid
D Natuur en Techniek

Alle profielen hebben een gemeenschappelijk deel. Dat is voor elk profiel hetzelfde. Daarnaast is er een profieldeel met vakken die aansluiten op het gekozen profiel. Tenslotte is er een vrije deel. Hierin kunnen leerlingen een vak volgen uit een ander profieldeel.
In de Tweede Fase werkt de leerling, behalve in de lessen, ook in het Studiehuis. Naast de gewone instructielessen is er tijd vrijgemaakt waarin de leerling zelfstandig kan werken en wordt er een steeds groter beroep gedaan op zijn eigen verantwoordelijkheid voor het studeren. Uiteraard kan elke leerling blijven rekenen op persoonlijke begeleiding.
Met een havo-diploma kan een leerling naar het Hoger Beroeps Onderwijs (hbo). De hotelschool, de pabo en de heao zijn voorbeelden van hbo-opleidingen. Ook een overstap naar het vwo is mogelijk. De volledige havo-opleiding kan op het Bonhoeffer College worden gevolgd op de locaties Bruggertstraat,
Geessinkweg en Van der Waalslaan. De inrichting van het onderwijs in de Tweede Fase op de locaties wordt verder op elkaar afgestemd, maar in accenten zullen er verschillen blijven.